Dr. Anne Doedens verricht onderzoek op het terrein van de lokale geschiedenis van het jaar 1500 tot 2000. Hij maakt gebruikt van tot nog toe onbenut bronnenmateriaal en voegt deelonderzoeken samen tot een totaalbeeld van dorp, stad of regio. Eind 2017 werkte hij aan een onderzoek naar Oosthuizen en de Grote Kerk van dat dorp (in 2018: vijf eeuwen geleden gebouwd.)

Ook doet hij wetenschappelijke research naar onderwerpen uit de Nederlandse zee-geschiedenis. Men kan dat nalezen in boeken als  Op jacht naar Spaanse zilver (2008),  1666. De ramp van Vlieland en Terschelling (2013), Strandroof. Een tragisch Godsgeschenk voor West-Vlieland (2020) en meerdere publicaties over Witte de With .

Doedens is zeer geïnteresseerd in egodocumenten uit de periode 1600-1918. De afbeeldingen hierbij trof hij aan bij zijn onderzoek naar de reis van Johan Bicker Raye in de achttiende e eeuw naar Turkije, Griekenland en Italië (Koninklijke Bibliotheek). Thans werkt hij, samen met Pieter van Hees aan een digitale uitgave van een beschrijving van ontwikkeling van het landgoed Eijckensteyn door Maurits Jacob Eijck van Zuylichem, een uniek document voor wie geïnteresseerd is in het beheer en ontwikkelen van landgoederen in de negentiende eeuw.

De laatste afbeelding op deze pagina is die van de dam in wat nu de Kromme Rijn is bij Wijk bij Duurstede. Deze afbeelding is ook opgenomen in Doedens’ Canon van Utrecht pag. 27 (van: J.R. Nijendaal, RHC Zuidoost Utrecht) .